2024-12-31 ⋯ RNA-seq 전처리: EBV genome
분석 목적 - 제공받은 fastq를 human genome에 매핑해서 전처리, 분석 후 DE 결과 보냄 - DE 분석시에 EBV 유전자도 포함해달라는 요청 해야하는것 - fastq를 EBV genome에 매핑해서 전처리, EBV count 생성 - human count에 EBV count를 붙이기 - 통합 count로 DE 분석 재수행 1. Alignment Load package, Set Path Build Index Feature Count Save 2. Annotation Load Package Set Path Load GTF file - annotation 파일이 없어서 gtf reference 파일을 사용해서 직접 만들어줫다. Make annotation file Save - 나중에 또 써야대니깐 저장. Load Count - 위에서 Rsubread로 만든 EBV count 가져옴 Annotation - 중복인 transcript가 엄청많음 - (63, 12)짜리에서 deduplication 결과 (15, 12)가 됏다. Merge 3. DEG Analysis Load Packages Set Path Run DEG Heatmap 시각화
2024-12-31 ⋯ EndNote 사용법
1. EndNote 설치 및 계정 설정 - 계정 설정: 공식 웹사이트에서 End note 계정을 생성한다. - 설치: 나의 경우 여기에서 다운로드해줬다. 2. 레퍼런스 추가 방법 - Google Scholar에 논문 제목을 검색해서 인용>EndNote를 클릭하면 .enw 파일이 다운로드된다. 3. 레퍼런스 관리 - Endnote에 접속한다. - Collect>Import References로 들어간다 - 파일 선택>아까 저장한 .enw 파일을 선택해준다 - Import Option>EndNote Import를 선택해준다 - To>New Group을 하면 논문 주제별로 그룹을 생성하여 정리 가능. 생성한 그룹이 이미 있으면 원하는 그룹 선택해준다. - Import 해준다 2025EMM_Mutclust 그룹에 45개 레퍼런스를 넣었고 이렇게 뜬다! 4. Word에서 레퍼런스 인용 - 위에서 EndNote를 설치해줬다면 Word의 상단 탭에 EndNote가 뜬다. - 레퍼런스를 넣고싶은 자리에 커서를 두고 EndNote>Insert Citation을 선택해준다. - 넣고싶은 논문의 제목 일부나 저자 이름을 넣고 검색>Insert 해준다. 47번째 줄에 성공적으로 레퍼런스가 달렸다! 본문 맨아래를 확인하면 citation도 자동으로 달려있다. cf) 만약 citation 형식을 바꾸고 싶으면 Select Other Style로 들어가서 형식을 바꿔주면 된다. 나는 Last name(full name) > First name(약어) > 제목 > 저널(기울임체) > 버전(bold) > 페이지, 발행년도 순으로 나오고 / 6명 이상인 경우 주저자 1명만 + et al.로 표기되는 형식을 써줘야했고 Nature immunology 포맷을 사용해줬다. 참고 자료 EndNote 활용 가이드 https://library.korea.ac.kr/wp-content/uploads/2020/03/EndNote_X9_manualKorean.pdf
2024-12-31 ⋯ DE 분석 (DESeq2)
> Tool > > Bioconductor - DESeq2 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html 1. Load package 2. Set path 3. Run DESeq2